بيد ان جميع اعمال الزخرف والنقش وغيرها من الترتيبات الثانوية لم تكن بعد قد انتهت في بدايات القرن الرابع عندما قام الامبراطور «قسطنطين» الكبير باعلان مرسوم «ميلانو» الشهير عام 313 الذي اعترف بالمسيحية ديانة رسميّة في الدولة. فتعطل العمل في معابد بعلبك، بعد مرور اكثر من ثلاثة قرون على البدء به. وما ان شارف القرن الرابع على الانتهاء حتى كان الامبراطور «ثيودوسيوس» يُغلق المعابد ويدمّر مذابحها التي كانت تعتبر أقدس مقدساتها، ويقيم على انقاضها، في وسط البهو الكبير، كنيسة عظيمة، ما تزال آثار محاريبها محفورة في الدرج المؤدي الى الهيكل الكبير، وقد كانت في حينه تتجه صوب الغرب.

وعلى اثر الفتح العربي عام 636 م. تحوّلت هياكل المدينة الى «قلعة» وهو الاسم الذي ما زالت تحمله حتى اليوم. وتوالى الزمن على بعلبك، فانتقلت من يد الامويين الى العباسيين فالطولونيين والفاطميّين والايوبيين الى ان نهبها المغول واستردّها منهم المماليك عام 1260، فعرفت في أيامها فترة عز ورخاء.